Depuis que les aliments fermentés ont le vent en poupe, on ne jure plus que par les probiotiques. Mais qu’appelle-ton exactement probiotiques ? Est ce que tous les aliments fermentés contiennent des probiotiques ?

A travers cet article je vous apporte des éclairages de fond pour que vous aussi, tout comme moi il y a quelque temps de cela, vous ne vous illusionnez plus !

On ne peux parler de probiotiques sans évoquer le microbiote. Le microbiote est un ensemble de différents micro-organismes vivants se trouvant dans un environnement spécifique. Le corps humain dispose de nombreux microbiotes : celui de la peau, de la bouche, des poumons, du vagin, des intestins, … . Le microbiote intestinal est le plus peuplé avec leur mille  milliards au million de milliards de micro-organismes.

On peut imaginer notre microbiote intestinale comme une forêt tropicale avec leurs multiples espèces végétales et animales qui vivent ensemble. Un certain équilibre régit cette vie communautaire. Un équilibre qui est intimement lié non seulement à la nature des espèces présentes mais aussi à leur nombre. Une communauté où certains contribuent à nourrir d’autres, où certains participent à l’éviction de ceux qui nuisent aux autres, où la présence de certains est indispensable au bon développement des autres, … Des éléments extérieurs peuvent malgré tout perturber cet équilibre de vie.

De façon similaire c’est ce qu’il se passe au niveau de notre flore intestinale. Si les pathogène sont majoritaires alors cela induira différents dysfonctionnements au niveau de notre organisme conduisant à des problèmes de santé. Si à l’inverse les pathogènes sont minoritaires alors on parlera d’une bonne santé du microbiote intestinale.

Quels sont ces micro-organismes qui constituent notre microbiote intestinal ? Ce sont certaines bactéries, certaines levures, certaines moisissures, certains virus et certains parasites parmi l’innombrable existant. En effet il existe de nombreuses sortes de bactéries, de levures, de moisissures, ...

Les différentes sortes de bactéries constituent à elles seules un domaine entier sur les 3 constituants l’arbre du vivant.

L’arbre du vivant est un arbre phylogénétique universel classant les différents micro-organismes en 3 grands domaines : les bactéries, les archées et les eucaryotes (Classification selon Carl R. Woese toujours valable à ce jour).

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Chaque domaine est ensuite divisé en règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre et espèces.

Dans le domaine des bactéries, les bactéries à gram+ représentent un groupe de bactéries parmi les 9 groupes existants. Voici quelques exemples de bactéries à gram+ :

- Les bactéries lactiques sont des bactéries à gram+ et appartiennent à l’ordre des lactobacillales et des bifidobacteriales.

- Bacillus subtilis (bactérie du natto japonais), une bactérie bien connue des fermenteurs , est également une bactérie à gram+ mais elle n’est pas une bactérie lactique. Elle appartient à l’ordre des bacillales

- Faecalibacterium est aussi une bactérie à gram+, elle n’est pas une bactérie lactique non plus. Elle appartient à l’ordre des clostridiales. C’est une des bactéries les plus abondantes dans le microbiote intestinal humain.

Chaque espèce contient plusieurs variantes appelées également souches. Les souches diffèrent entre elles au niveau de leur matériel génétique et de leurs composants chimiques ce qui fait qu’elles auront des activités différentes.

Prenons l’exemple d’une bactérie lactique, le genre lactobacillus. Ce genre Lactobacillus comporte plusieurs espèces comme par exemple Lactobacillus plantarum, Lactobacillus acidiphilus, Lactobacillus gasseri , …

Les deux espèces Lactobacillus plantarum et Lactobacillus gasseri exercent des fonctions similaires dans notre organisme MAIS Lactobacillus gasseri ne survit pas en présence d’oxygène contrairement à Lactobacillus plantarum.

L. plantarium a un degré de polyvalence et d’adaptabilité bien plus important que L. gasseri en ce qui concerne le métabolisme du sucre.

L’espèce L.plantarium a de nombreux sous-espèces appelées également souches ou variétés qui ont été identifiées et isolées. Pour distinguer une souche d’une autre, la taxonomie adoptée est de numéroter chaque souche. Ainsi il y a par exemple la souche L. plantarum LP115, la souche L. plantarum 229V, la souche L. plantarum PS128, …

Chaque souche a des caractéristiques qui lui sont propres comme par exemple la production de vitamines, d’enzymes, de bactériocines, … qui vont influencer leur activité.

La souche L. plantarum 229V adhère plus efficacement aux muqueuses intestinales ce qui lui permet d’agir contre les inflammations intestinales.

La souche L. plantarum PS128 présente une activité neuromodulatrice agissant ainsi sur l’axe intestin-cerveau.

Lactobacillus plantarum est qualifié de probiotique

Toutes les bactéries, levures et moisissures existantes ne sont pas des probiotiques. Parmi les nombreuses bactéries lactiques, seule une partie est qualifiée de probiotique. Il existe des bactéries qui ne sont pas des bactéries lactiques mais qui sont qualifiées de probiotiques (Exemple : Bacillus subtilis, Faecalibacterium ,… )!

Parmi les nombreuses levures existantes, seule une souche est qualifiée de probiotique.

Mais qu’appellet-on probiotique exactement ?

En 2001 l’OMS(Organisation Mondiale pour la Santé) définit les probiotiques comme " des micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantités adéquates, exercent des effets positifs sur la santé, au-delà des effets nutritionnels traditionnels " 

Pour que ces micro-organismes vivants qualifiés de probiotiques puissent conférer un bénéfice pour la santé de l’hôte, ils doivent être capable de traverser sans encombre le tractus digestif. Ils doivent également coloniser la flore intestinale et doivent être capable d’adhérer aux muqueuses intestinales. C’est ainsi et seulement ainsi qu’ils seront en mesure de soutenir et renforcer la flore intestinale.

Toutes les bactéries lactiques ne sont pas des probiotiques, tout simplement parce qu’elles ne répondent pas toutes à ces critères qualifiant un probiotique.

Par exemple, certaines bactéries lactiques sont beaucoup plus sensibles que d’autres à l’acidité et sont donc détruites avant même d’arriver dans les intestins. D’autres ne sont pas capables d’adhérer durablement sur les muqueuses intestinales et sont alors évacuées dans les matières fécales. D’autres encore ne peuvent pas se multiplier car les conditions physico-chimiques des intestins ne leur sont pas favorables.

Concernant les levures, Saccharomyce est le genre le plus connu. L’espèce Saccharomyce cerevisae est bien connue du monde de la fermentation puisque c’est la levure utilisée pour la production de levure boulangère ou encore pour la production de bière.

L’espèce Saccharmyce cerevisae compte 23 souches connues à ce jour. Saccharomyce boulardii est une des souches de Saccharomyce cerevisae. Saccharomyce boulardii a été découverte puis isolée pour la 1ère fois en 1923 sur la peau de litchi et sur la peau de mangoustan. C’est une souche tropicale et aucune chance d’en trouver sur les fruits de nos vergers ni sur les fleurs de nos jardins, de nos champs et de nos forêts !

Saccharomy cerevisae n’est pas un probiotique !

Seule sa souche Saccharomyce boulardii est l’unique levure qualifiée de probiotique à ce jour.

Même si Saccharomyce boulardii est une sous-espèce de Saccharomyce cerevisae, ces deux micro-organismes n’ont pas le même matériel génétique. S. boulardii présente plusieurs caractéristiques métaboliques et physiologiques distincts de ceux de S. cerevisae.

Je vous mets dans les références le résultat d’une étude qui a permis de classer S. boulardii en tant que probiotique, contrairement à S. cerevisae.

Les preuves cliniques abondent quant aux applications bénéfiques de S. boulardii dans les traitements de nombreux troubles gastro-intestinaux. S. boulardii est la seule souche de levure prescrite comme probiotique contre les maladies gastro-intestinales. C’est également l’unique souche de levure probiotique commercialisée.

Malgré qu’il existe à l’heure actuelle différentes souches de levures pouvant avoir potentiellement des qualités probiotiques, les résultats cliniques réalisés avec ces souches sont loin d’être aussi probants que ceux obtenus avec S. boulardii.

Concernant les procédés de fermentation, les levures interviennent au cours d’une fermentation alcoolique. De nombreuses boissons fermentées sont le produit de fermentation alcoolique. C’est le cas de la bière, du vin, des boissons fermentées à base de fleurs comestibles/fruits/plantes sauvages/ … appelées parfois champagne des fées.

A moins d’utiliser des licthis et des mangoustans avec leur peau pour en faire une boisson fermentée pétillante, il est plus qu’improbable que la seule levure qualifiée de probiotique S.boulardii puisse être présente dans la boisson !

Pour résumer, à l’heure actuelle les bactéries ayant des propriétés probiotiques avérées sont beaucoup plus nombreuses que les levures. Parmi ces bactéries probiotiques il y a certaines bactéries lactiques.

Je le répète encore une fois, toutes les bactéries lactiques ne sont pas des probiotiques.

Les aliments fermentés naturellement riches en probiotiques sont essentiellement des produits issus d’une fermentation lactique ou lacto-fermentation. Le kéfir de lait cru obtient la médaille d’or non seulement en terme de biodiversité des probiotiques présents mais aussi en terme quantitatif.

Parmi les boissons fermentés riches en probiotiques, on peut citer le makgeolli coréen.

Il est important de noter que même si les boissons fermentées pétillantes issues d’une fermentation alcoolique ne contiennent pas de probiotiques, elles sont bonnes pour la santé grâce aux différents métabolites produits par les levures non probiotiques qui ont des pouvoirs anti-oxydants, anti-inflammatoires, … ; grâce aux différentes enzymes, vitamines ... excrétées par ces levures non probiotiques 

Il existe une communauté, l’ISAPP (Association Scientifique Internationale pour les Probiotiques et Prébiotiques), qui rassemble des scientifiques de haut niveau dont les activités s'étendent des publications et réunions scientifiques aux ressources et médias destinés aux consommateurs.

L’ISAPP met à disposition différentes déclarations de consensus visant à cadrer par exemple l’utilisation de différents termes comme " aliments fermentés " , "  probiotiques ", " prébiotiques " , "  postbiotiques " , …

Une déclaration de consensus est un accord formel élaboré par un groupe d’experts dans un domaine spécifique, tel que la santé, la médecine, .. pour aborder des sujets controversés sur la base des preuves disponibles et des témoignages d’experts .

Je vous mets dans les références leur déclaration de consensus publié en 2021 suite à une réunion d’experts en 2019. Je vous invite à lire cet article car il est très constructif en ce qui concerne les termes utilisés dans le milieu de la fermentation.

Par exemple il y est expliqué clairement la différence entre aliment fermenté et un alimenté fermenté vivant. En effet certains aliments fermentés sont par la suite pasteurisés et perdent ainsi leurs probiotiques : c’est le cas par exemple de la sauce de soja pasteurisée ou le miso pasteurisé !

Si toutes les bières sont des boissons fermentées, celles qui sont pasteurisées après fermentation ne contiennent plus de levures vivantes et par conséquent leurs qualités nutritionnelles sont bien différentes d’une bière non pasteurisée.

Concernant les moisissures nobles utilisées dans de nombreuses fermentations, il en existe aussi qui sont qualifiées probiotiques. C’est le cas par exemple de la moisissure Aspergillus oryzae utilisé notamment pour produire du koji, du sake, …

Pour conclure faites attention aux allégations prétendant un aliment fermenté riche en probiotiques, que cela soit pour des produits commercialisés ou pour des recettes de fermentation maison et artisanale.

Si vous cherchez à soutenir et à renforcer votre microbiote intestinale, privilégiez la consommation d’aliments fermentés vivants réellement riches en probiotiques. Les fruits et légumes lacto-fermentés consommés crus, les produits laitiers lacto-fermentés consommés crus, le miso cru, la sauce de soja crue, ...  en regorgent !

Diversifiez vos sources de probiotiques naturelles en consommant différents aliments fermentés vivants. Cela multipliera la diversité des probiotiques car souvenez vous il existe des milliards de probiotiques dans notre flore intestinale !

Les bactéries lactiques sont multiples et variées et chaque espèce a une niche écologique qui lui est propre. Il y en a qui vont prospérer sur les feuilles de chou, d’autres dans du lait cru et encore d’autres sur des algues d’eau douce, etc etc

L’aliment fermenté qui est reconnu à ce jour contenant la plus grande diversité de bactéries lactiques est le kéfir de lait. Le kéfir de lait cru en est beaucoup plus riche car il apporte un supplément de souches de bactéries lactiques qui ne sont pas présentes dans certains grains utilisés.

La lacto-fermentation ou fermentation lactique permet de multiplier les bactéries lactiques initialement présent dans le milieu, à conditions de respecter les conditions optimales. Le produit fini ainsi obtenu est naturellement enrichi en bactéries lactiques. Si des bactéries lactiques qualifiées de probiotiques étaient initialement présentes dans le milieu alors le produit obtenu après lacto-fermentation se trouve naturellement enrichi en probiotiques bactériens.

La fermentation alcoolique permet de multiplier les levures initialement présentes dans le milieu. Si des probiotiques lévuriens étaient présents avant la fermentation alcoolique alors le produit fini se trouve naturellement enrichi en probiotiques lévuriens. Dans le cas contraire, le produit fini sera uniquement enrichi en levures classiques non probiotiques.

Le terme probiotique dans les aliments fermentés est utilisé par monts et vaux. Soyez vigilants et ne succombez pas sur ces allégations qui ont surtout un caractère marketing !

Un aliment fermenté ne contient pas systématiquement des probiotiques, gardez bien cela en tête !

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Références

1/ Déclaration de consensus de l'Association scientifique internationale pour les probiotiques et les prébiotiques (ISAPP) sur les aliments fermentés

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7925329/

2/ Quels sont les différents types de probiotiques ?

https://nutriandco.com/fr/pages/types-de-probiotique

3/ Saccharomyces boulardii : Une levure probiotique à retenir !

https://www.toutsurlalevure.fr/quest-ce-que-la-levure/saccharomyces-boulardii-une-levure-probiotique-a-retenir/

4/ Différence à l'échelle transcriptome entre S. cerevisae et S. cerevisea var. boulardii : indices sur la survie de l'hôte et l'activité probiotique basée sur la variabilité de la séquence du promoteur

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754321000288#:~:text=boulardii%20is%20physiologically%20and%20metabolically,oxidative%20utilization%20and%20fermentation%20patterns.

5/ Base génétique unique de la puissance antibiotique distincte de la production élevée d'acide acétique dans la levure probiotique Saccharomyces cerevisiae var. boulardii

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31467028/

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